«Десятки возбудителей в одной пробирке»: эксперт Роспотребнадзора Камиль Хафизов рассказал о новых возможностях диагностики инфекций

Заведующий лабораторией геномных исследований ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, к. б. н. Камиль Хафизов. Фото: Галина ПОНОМАРЕВА

На форуме OpenBio заведующий лабораторией геномных исследований ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, кандидат биологических наук Камиль Хафизов рассказал о разработках в области диагностики инфекций. По его словам, новые панели на основе секвенирования нового поколения (NGS) позволяют выявлять десятки патогенов одновременно, преодолевая некоторые ограничения традиционных ПЦР-тестов.

Что NGS добавляет к ПЦР?

Традиционные ПЦР-тесты обычно нацелены на заранее определенный спектр возбудителей. Как пояснил Камиль Хафизов, в мультиплексных форматах одновременно можно выявлять несколько патогенов, однако по мере увеличения их числа разработка таких тестов становится все сложнее.

В отличие от ПЦР, методы секвенирования нового поколения, по словам эксперта, имеют значительный потенциал для масштабирования и снижения стоимости анализа.

- Если 20 - 25 лет назад расшифровка генома человека стоила 3 миллиарда долларов, то сегодня это можно сделать менее чем за 100 долларов. Геном вируса или бактерии существенно меньше, поэтому стоимость его секвенирования иногда составляет всего сотни рублей. В едином NGS-анализе мы можем выявлять десятки возбудителей в одной пробирке, - отметил ученый.

Одним из первых направлений применения технологии стала дифференциальная диагностика ОРВИ. В рутинной практике наиболее широко исследуют пациентов на грипп, COVID-19 и ряд других распространенных инфекций, однако значительная часть респираторных вирусов может оставаться за пределами стандартного тестирования.

Новая NGS-панель позволяет одновременно выявлять широкий спектр возбудителей, в том числе аденовирусы, риновирусы и другие респираторные вирусы.

В дальнейшем технологию планируют развивать для диагностики острых кишечных инфекций, инфекций центральной нервной системы и других заболеваний.

Форум OpenBio проходит на площадке Биотехнопарка в Кольцово. Фото: Наталья БАЕВА

Суверенитет геномных данных

Важной частью системы геномного эпидемиологического надзора стала отечественная платформа VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia). Она была создана в 2021 году для сбора и анализа данных о геномах SARS-CoV-2, а впоследствии ее возможности значительно расширили.

Как рассказал Камиль Хафизов, сейчас платформа содержит около 500 тысяч геномных последовательностей более чем 100 возбудителей. Среди наиболее развитых направлений - мониторинг вирусов гриппа и вирусных гепатитов.

- Есть общие открытые научные базы данных за рубежом, но они служат другим целям. Национальные базы в США или Китае сейчас закрываются или становятся полузакрытыми из-за вопросов биобезопасности. Для многих возбудителей, особенно особо опасных инфекций, такая информация открыто не распространяется. Поэтому наличие собственной платформы с инструментами для анализа и депонирования геномов для России критически важно, - сообщил специалист.

Развитие NGS-диагностики и платформы VGARus, по словам Хафизова, позволит не только расширить возможности выявления возбудителей, но и оперативнее отслеживать их генетические изменения и использовать эти данные для эпидемиологического надзора.